Rozkwit monastycyzmu i bogactwo dostojników kościelnych budziło rosnący sprzeciw ludności Szkocji, co ułatwiło wprowadzenie reformacji w XVI w. przez Johna Knoxa. Opór królowej Marii Stuart przeciwko wprowadzaniu kalwinizmu spowodował radykalizację protestantów: w 1560 parlament Szkocji ogłosił kalwinizm jedyną religią państwową i zakazał innych praktyk religijnych. Gorliwość w walce z katolicyzmem doprowadziła do zburzenia lub zrujnowania niemal wszystkich kościołów, z wyjątkiem katedr w Edynburgu i w Stornoway. Od 1690 powstał współczesny Kościół Szkocki (tzw. Kirk)- uznany za „narodowy”, ale niezależny od państwa w kwestiach doktrynalnych. Do początku XX w. ten Kościół kształtował charakterystyczną obyczajowość Szkotów (oszczędność, skromność i gospodarność). Od 1689 wyodrębnił się w Szkocji anglikański Szkocki Kościół Episkopalny. Każdy brytyjski monarcha (oprócz przynależności do anglikanizmu) musi należeć do państwowego Kościoła Szkocji.

W XIX i XX w. pojawiły się w Szkocji inne wspólnoty protestanckie: metodyści, kongregacjonaliści, kwakrzy, adwentyści, baptyści, zielonoświątkowcy.

XVI wiek przyniósł faktyczną likwidację Kościoła katolickiego w Szkocji. Ocalały jedynie bardzo nieliczne wspólnoty katolickie na odległych wyspach -południowych Hebrydach Zewnętrznych (wyspy Uist i Barra). Dopiero XIX w. przyniósł znaczące zwiększenie liczby katolików w zachodniej Szkocji- na skutek imigracji z Irlandii. Kolejni imigranci katoliccy napłynęli w XX w. z Włoch i Polski, głównie do regionu Glasgow. Z tamtych czasów datuje się rywalizacja drużyn piłkarskich: katolickiej Celtic i protestanckiej Rangers. Obecnie katolicyzm jest drugim co do liczebności wyznaniem Szkocji (około 16% ludności).

Szkocja od połowy XX w. szybko się laicyzuje i coraz mniej osób praktykuje tradycyjne religie, a prawie 28% określa się jako ateiści. W tym samym czasie pojawiły się nowe religie, takie jak islam (wyznawany głównie przez imigrantów, mniej niż 1% ludności), buddyzm, hinduizm (m.in. Hare Kryszna), sikhizm i neopogaństwo (wicca, neodruidyzm i celtycki politeizm rekonstrukcjonistyczny). Obecnie w Szkocji mieszka 6400 wyznawców judaizmu.